企业商铺出租是需要缴纳税费的。以下将根据不同情况详细说明：
1. 若企业为一般纳税人且出租其2016年5月1日后取得的商铺，适用一般计税方法，增值税税率为9%。
2. 若企业为一般纳税人且出租其2016年4月30日前取得的商铺，可选择简易计税方法，按照5%的征收率计算缴纳增值税。
3. 若企业为小规模纳税人出租商铺，增值税征收率为5%。
4. 无论何种情况，企业商铺出租取得的租金收入，还需缴纳城市维护建设税（按增值税额的7%、5%或1%）、教育费附加（按增值税额的3%）、地方教育附加（通常按增值税额的2%），以及企业所得税（并入企业应纳税所得额计算，税率一般为25%）。
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企业商铺出租过程中，可能面临以下法律风险点：
1. 税务处罚风险：如果企业未按时足额缴纳商铺出租相关税费，根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十四条规定，纳税人不进行纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。例如，某企业出租商铺取得年租金100万元，未申报缴纳增值税及附加税费，税务机关查实后，除追缴税款外，还可能处以罚款。
2. 信用记录受损风险：企业未按规定缴纳税费，被税务机关处罚后，相关不良信息可能会被记入企业信用信息公示系统，影响企业的信用评级。这可能导致企业在后续的经营活动中，如申请贷款、参与政府招投标等方面受到限制。
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企业商铺出租在税费处理过程中，存在一些常见的错误操作行为需要避免：
1. 混淆不同计税方式：部分企业可能错误地将一般纳税人出租老项目（2016年4月30日前取得）本可选择的简易计税方法与一般计税方法混淆，导致多缴或少缴增值税。例如，误按9%税率而非5%征收率计算，增加了税负。
2. 遗漏附征税费：只关注增值税的缴纳，而忽略了以增值税为计税依据的城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加等附征税费，导致税费缴纳不完整，面临税务风险。
3. 未将租金收入全额计入应税收入：有的企业可能将部分租金收入通过个人账户收取或挂账不及时确认，未全额计入企业应税收入申报纳税，这种行为属于隐瞒收入，违反了税收征管法。
这些错误操作可能给企业带来税务处罚等不良后果，若您不确定自身操作是否合规，建议进一步向律师咨询。
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企业商铺出租缴纳税费时，存在一些特殊情况或例外情形会影响处理方式：
1. 租赁合同存在免租期条款：如果企业商铺租赁合同中约定了免租期，根据《国家税务总局关于土地价款扣除时间等增值税征管问题的公告》（2016年第86号）规定，纳税人出租不动产，租赁合同中约定免租期的，不属于视同销售服务，不征收增值税。但免租期内，房产税仍需按房产原值缴纳，而不是按租金收入缴纳，这会影响房产税的计算方式和金额。
2. 商铺用于公益事业或社会公众服务：若企业将商铺出租给用于公益事业或者以社会公众为对象的单位使用，根据相关增值税优惠政策，可能享受免税待遇。例如，出租给非营利性医疗机构用于医疗服务，其租金收入可能免征增值税，但需提供相关证明材料并向税务机关备案，否则无法享受免税。
3. 地方税收优惠政策：部分地区为鼓励特定产业发展或吸引投资，可能对商铺出租出台地方性税收优惠政策，如降低房产税税率、给予增值税即征即退等。这些政策会直接影响企业实际缴纳的税费金额，企业需关注当地税务部门的具体规定。

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